Certyfikat KSeF to specjalny, niefizyczny certyfikat uwierzytelniający, który pozwala aplikacjom (np. programom do fakturowania) na komunikację z Krajowym Systemem e-Faktur bez konieczności każdorazowego logowania użytkownika. Dzięki niemu możliwe jest automatyczne wysyłanie i odbieranie faktur przez system.

Certyfikat generuje się po nadaniu odpowiednich uprawnień w e-Urzędzie Skarbowym, np. dla podmiotu, osoby fizycznej lub oprogramowania.